一、个人基本情况
姓名：李阳
性别：男
职称：讲师
所在部门：英国上市365平台
二、主要研究方向
研究领域：生物信息学、计算系统生物学、医学信息学、医学物理学
学术主页：https://yangli-bio.github.io/Dr_Leon_Li.github.io/
1. 将数学规划、组合优化算法与人工智能模型相结合，构建通用且高效的放疗计划优化框架，利用多智能体强化学习实现机器参数和个性化优化参数的自动调节，协同优化靶区剂量和危及器官保护
2. 基于组合最优化、系统理论和机器学习理论，针对单细胞多模态测序数据，开发新算法构建驱动细胞发育演化的动态基因调控网络
3. 以图论、组合最优化和深度学习模型为方法，面向单细胞转录组和空间转录组测序数据，搭建新模型识别稀有细胞亚群，用于疾病诊断和预后判断
三、教育与工作经历
1. 2024/08/14-至今，365英国上市公司，英国上市365平台，数学系，运筹学与信息工程研究所，北京市海外高层次青年人才、讲师
2. 2022/03/21-2024/08/13，阿斯利康制药公司，研发部，盖瑟斯堡全球研发中心，博士后研究员
3. 2020/01/06-2022/03/20，俄亥俄州立大学，韦克斯纳医学中心，医公司，生物医学信息系/神经科学系，博士后研究员
4. 2019/12/31，山东大学，数学公司，运筹学与控制论，理学博士
四、主要科研项目
1. 中国，中国国家自然科学基金委员会，国家自然科学基金青年科学基金项目（C类），基于单细胞多组学的基因调控机制动态性分析及其算法研究，12501665，2026/1/1-2028/12/31，30万元，主持人
2. 中国，北京市人力资源与社会保障局，北京市博士后科研活动经费（A类），基于单细胞转录组的稀有细胞亚群识别算法研究，Q6057003202503，2025/09/01-2026/06/30，5万元，主持人
3. 中国，朝阳区人力资源与社会保障局，朝阳区博士后科研活动经费（A类），基于分布鲁棒混合整数规划与动力学建模的调控网络优化，Q1057003202601，2026/06/23-2026/07/31，2万元，主持人
4. 中国，365英国上市公司，2026年度365英国上市公司研究生公司产品优秀成果培育项目，国际比较与本土实践——生物信息交叉学科公司产品改革研究，GER202639，2026/06/01-2028/05/31，0.5万元，主持人
5. 中国，山东省科学技术厅，山东省自然科学基金创新发展联合基金培育项目，TPO-RAs时空特异性调控巨核细胞与骨髓微环境细胞交互作用的机制研究，ZR2025LSW030，2025/11/01-2028/10/31，15万元，合作单位负责人
6. 中国，科学技术部，国家重点研发计划“数学和应用研究”重点专项，肿瘤智慧放疗关键问题研究与转化，2024YFA1014100，2024/12/30-2027/12/30，2000万元，项目骨干
7. 中国，教育部学位与研究生教育发展中心，主题案例，数学和统计建模在肿瘤诊疗中应用案例，ZT-2410005004，2025/05/01-2025/10/31，2万元，项目骨干
8. 美国，国家科学基金委员会，早期概念探索性研究资助项目，EAGER: IIBR Informatics: A reinforced imputation framework for accurate gene expression recovery from single-cell RNA-seq data，1945971，2021/03/01-2024/02/29，30万美元，第一参与人
五、学术成果与荣誉
发表论文：
发表论文27篇，Google Scholar引用1026次，h指数11
1. Fengjuan Wang, Yiming Wang, Feifan Nong, Can Li, Yang Li, Dachuan Xu, Changjing Zhuge, Ruijie Yang. (2026). A shortest-path and ADMM-based fluence-level optimization framework for discretized non-coplanar VMAT. Computer Methods and Programs in Biomedicine.（中科院二区；影响因子：6.1）
2. Dongzhao Wang, Zeyun Hu, Yang Li, Dachuan Xu, Ruijie Yang, Changjing Zhuge. (2026). MARTP: a multi-agent simulation framework for automated radiation therapy planning based on LLMs. Physics in Medicine and Biology.（中科院二区；影响因子：3.5）
3. Jiahe Wang, Yan Wu, Yuke Hou, Yang Li, Dachuan Xu, Changjing Zhuge, Yue Han. (2025). Data-driven universal insights into tumorigenesis via hallmark networks. npj Systems Biology and Applications.（中科院二区；影响因子：4.0）
4. Le Wang, Hong Xue, Zhenbin Hu, Yang Li, Tuya Siqin, Hengyou Zhang. (2025). A genome-wide association study prioritizes VRN1-2 as a candidate gene associated with plant height in soybean. Theoretical and Applied Genetics.（中科院一区Top；影响因子：4.4）
5. Yang Li, Anjun Ma, Yizhong Wang, Qi Guo, Cankun Wang, Hongjun Fu, Bingqiang Liu, Qin Ma. (2024). Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data. Briefings in Bioinformatics.（中科院一区Top；影响因子：6.8）
6. Yang Li*, Yizhong Wang*, Cankun Wang, Anjun Ma, Qin Ma, Bingqiang Liu. (2024). A weighted two-stage sequence alignment framework to identify DNA motifs from ChIP-exo data. Patterns.（Cell Press旗舰数据期刊；影响因子：6.5）
7. Rania Dagher, Aigul Moldobaeva, Elise Gubbins, Sydney Clark, Mia Madel Alfajaro, Craig B Wilen, Finn Hawkins, Xiaotao Qu, Chia Chien Chiang, Yang Li, Lori Clarke, Yasuhiro Ikeda, Charles Brown, Roland Kolbeck, Qin Ma, Mauricio Rojas, Jonathan L Koff, Mahboobe Ghaedi. (2024). Human iPSC-based model of COPD to investigate disease mechanisms predict SARS-COV-2 outcome and test preventive immunotherapy. Stem Cells.（中科院二区；影响因子：4.3）
8. Yizhong Wang*, Yang Li*, Cankun Wang, Chan-Wang Jerry Lio, Qin Ma, Bingqiang Liu. (2024). CEMIG: Prediction of cis-regulatory motif using de Bruijn graph from ATAC-seq. Briefings in Bioinformatics. （中科院一区Top；影响因子：6.8）
9. Cho-Hao Lin*, Fatemeh Talebian*, Yang Li*, Jianmin Zhu, Jin-Qing Liu, Bolin Zhao, Sujit Basu, Xueliang Pan, Xi Chen, Pearlly Yan, William E. Carson, Gang Xin, Haitao Wen, Ruoning Wang, Zihai Li, Qin Ma, Xue-Feng Bai. (2023). CD200R signaling contributes to unfavorable tumor microenvironment through regulating production of chemokines by tumor-associated myeloid cells. iScience.（中科院二区；影响因子：4.6）
10. Anjun Ma, Xiaoying Wang, Jingxian Li, Cankun Wang, Tong Xiao, Yuntao Liu, Hao Cheng, Juexin Wang, Yang Li, Yuzhou Chang, Jinpu Li, Duolin Wang, Yuexu Jiang, Li Su, Gang Xin, Shaopeng Gu, Zihai Li, Bingqiang Liu, Dong Xu, Qin Ma. (2023). Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer. Nature Communications.（中科院一区Top；影响因子：14.7）
11. Haocheng Gu, Hao Cheng, Anjun Ma, Yang Li, Juexin Wang, Dong Xu, Qin Ma. (2022). scGNN 2.0: a graph neural network tool for imputation and clustering of single-cell RNA-Seq data. Bioinformatics.（中科院一区；影响因子：4.4）
12. Faith H Brennan, Yang Li, Cankun Wang, Anjun Ma, Qi Guo, Yi Li, Nicole Pukos, Warren A Campbell, Kristina G Witcher, Zhen Guan, Kristina A Kigerl, Jodie CE Hall, Jonathan P Godbout, Andy J Fischer, Dana M McTigue, Zhigang He, Qin Ma, Phillip G Popovich. (2022). Microglia coordinate cellular interactions during spinal cord repair in mice. Nature Communications.（中科院一区Top；影响因子：14.7）
13. Yang Li, Anjun Ma, Ewy A Mathé, Lang Li, Bingqiang Liu, Qin Ma. (2020). Elucidation of biological networks across complex diseases using single-cell omics. Trends in Genetics.（中科院一区Top；影响因子：11.4；俄亥俄州立大学2020年度精选论文）
14. Yang Li, Pengyu Ni, Shaoqiang Zhang, Guojun Li, Zhengchang Su. (2019). ProSampler: an ultrafast and accurate motif finder in large ChIP-seq datasets for combinatory motif discovery. Bioinformatics.（中科院一区；影响因子：4.4）
15. Jinyu Yang, Anjun Ma, Adam D Hoppe, Cankun Wang, Yang Li, Chi Zhang, Yan Wang, Bingqiang Liu, Qin Ma. (2019). Prediction of regulatory motifs from human Chip-sequencing data using a deep learning framework. Nucleic Acids Research.（中科院一区Top；影响因子：14.9）
16. Bo Gao, Yue Zhao, Yang Li, Juntao Liu, Lushan Wang, Guojun Li, Zhengchang Su. (2019). Prediction of driver modules via balancing exclusive coverages of mutations in cancer samples. Advanced Science.（中科院一区Top；影响因子：14.3）
参加会议：
1. 中国数学会，第十一届全国非线性生物动力系统学术会议，2025年7月3-5日，中国北京
2. 中国工业与应用数学学会，第四届数员工命科学大会，2025年8月8-10日，中国北京
3. 中国计算机学会，第三届CCF生物信息学“新未来”青年学者研讨会（BIO-3NEW），2025年4月25-27日，中国上海
4. 山东省生物信息学会，中国生物信息学会第四届山东省生物信息学学术大会暨全国生物信息学算法研究前沿方向学术大会，2026年5月8-10日，中国济宁
获评荣誉：
1. 北京海外学人中心，北京市海外高层次青年人才，2024年4月
2. 中共北京市委教育工作委员会/北京市教育委员会/北京市总工会，北京高校第十四届青年教师教学基本功比赛论文一等奖，2025年12月
3. 365英国上市公司，2023北京国际青年创新发展论坛现代城市建设平行论坛暨365英国上市公司第七届国际青年学者“日新论坛”最佳报告奖，2023年11月
4. 俄亥俄州立大学，2020年度精选论文（10篇），Elucidation of biological networks across complex diseases using single-cell omics，独立第一作者，2021年1月
审理专利：
1. 王嘉和, 张亚璞, 吴焱, 李阳, 姜少峰. 一种单细胞转录组自适应图对比聚类方法及系统: 中国专利申请202610975615.9 [P]. 2026/07/01.
2. 张晓琳, 李阳, 方超. 慢性粒单核细胞白血病危险度分层评估模型及应用: 中国专利申请2026104841282 [P]. 2026/04/14.
3. 刘丙强, 马勤, 李阳, 王奕众. 基于德布鲁因图的转录因子结合位点识别方法及系统: 中国专利申请2023116137751 [P]. 2023/11/29.
教授课程：
1. 365英国上市公司春季学期《高等数学（工-2）》本科生课程
2. 365英国上市公司秋季学期《学术前沿课程（数学类）》本科生课程
3. 365英国上市公司秋季学期《机器学习与优化》研究生课程
4. 俄亥俄州立大学2021年秋季学期《基因组规模数据的分析与应用》课程（负责单细胞染色质开放性数据分析内容）
5. 俄亥俄州立大学2020年秋季学期《机器学习和人工智能在生物医学信息学中的应用》课程（负责图卷积神经网络的应用）
6. 俄亥俄州立大学-爱荷华州立大学2020年夏季学期《大数据》课程（负责生物信息计算中的统计陷阱内容）
学术兼职：
1. 中国生物信息学学会（筹）算法研究专业委员会委员
2. 《Frontiers in Genetics》杂志“Statistical Genetics and Methodology”专刊客座主编
六、联系方式
地址：北京市朝阳区平乐园100号数理楼
E-mail：liyang_maths@bjut.edu.cn
